简单序列重复区间扩增多态性(Inter-simple sequence repeat,简称ISSR)是一种新型的分子标记。它直接对基因组DNA进行分析,不受任何环境条件影响,在遗传上多为共显性。在不同的发育阶段,同一个个体的任何体细胞所得的带型或指纹都是一样的,并且符合孟德尔遗传规律。本文对ISSR在品种鉴定、遗传关系及遗传多样性分析、基因标签、植物基因组作图、指纹图谱的建立等方面作了简要概述。